TRAF1-C5 jako locus ryzyka dla reumatoidalnego zapalenia stawów – badanie genomewidu czesc 4

Nasze podstawowe analizy zostały przeprowadzone na połączonym zbiorze danych z NARAC i EIRA z wykorzystaniem strukturalnego powiązania w obrębie jednorodnych klastrów uzyskanych dzięki podobieństwu tożsamości, realizowanego w zestawie narzędzi PLINK jako analiza stratyfikacyjna Cochrana-Mantela-Haenszela, 24 a Metoda, którą tutaj nazywamy, to strukturalna analiza asocjacji (patrz sekcja Metody w dodatkowym dodatku). Pełną listę wyników połączonych danych NARAC-1 i EIRA-1 można również znaleźć w Dodatku Uzupełniającym. Dodatkowe dane na temat NARAC-1 są dostępne w bazie danych genotypu i fenotypu (dbGaP) (numer dostępu phs000099.v1.p1). Po zidentyfikowaniu regionu TRAF1-C5 za pomocą skanów genomewidów osobników z NARAC-1 i EIRA-1, wybraliśmy dziewięć SNP, które leżą w bloku nierównowagi sprzężenia o wartości 100 kb, w celu zbadania powiązania z chorobą w NARAC-2 i EIRA. -2. Wybraliśmy te SNP na podstawie wzorców nierównowagi powiązań w próbkach europejskich z Międzynarodowego Projektu HapMap (Centre d Etude du Polymorphisme Humain z Utah [CEU] HapMap34) za pomocą oprogramowania Tagger.35 Przeprowadziliśmy analizę asocjacyjną z wykorzystanie tablic kontyngencji 2-na-2 częstotliwości alleli i dokładnego testu Fishera. W przypadku próbek replikacji NARAC-2 wykonaliśmy analizę wtórną, korygując stratyfikację populacji, stosując program EIGENSTRAT23 do zestawu 704 SNP informujących o pochodzeniu europejskim36 i poprawionych wzdłuż pierwszego głównego komponentu.
Wyniki połączono we wszystkich próbkach (NARAC-1, NARAC-2, EIRA-1 i EIRA-2) na trzy sposoby (patrz sekcja Metody w dodatkowym dodatku). Przeprowadziliśmy także analizę asocjacyjną pod kątem każdego SNP i haplotypu z wykorzystaniem połączonych danych genotypowych ze wszystkich czterech kolekcji próbek. Analizy te przeprowadzono za pomocą programu WHAP 37, który również dostarczył test zbiorczy na powiązanie haplotypów.
Aby oszacować moc w połączonym skanie NARAC-1 i EIRA-1, wzięliśmy pod uwagę różne rozmiary efektów (oszacowane przez iloraz szans) i częstości alleli za pomocą internetowego kalkulatora mocy genetycznej (http: //pngu.mgh. harvard.edu/~purcell/gpc/). Badanie miało moc około 90% do wykrycia allelu związanego z chorobą z częstością populacyjną 0,20 i ilorazem szans 1,5 (przy P = 5 × 10-8 w multiplikatywnym modelu genetycznym), ale moc tylko 13% wykrycie tego samego allelu z ilorazem szans 1,3.
Wyniki
Analiza asocjacji genomewidu
Zidentyfikowaliśmy zestaw 297 086 polimorficznych SNP genotypowanych w próbach od 1522 pacjentów z reumatoidalnym zapaleniem stawów z anty-CCP i od 1850 osób kontrolnych w połączonej analizie NARAC-1 i EIRA-1, które przeszły nasze filtry kontroli jakości (zobacz Metody sekcja Dodatku Uzupełniającego). Średnia stawka za połączenie dla tych SNP wynosiła 99,71%.
Rysunek 1. Rysunek 1. Wyniki badania Stowarzyszenia Genomewide. Panele A i B pokazują wyniki dla 297 086 polimorficznych SNP genotypowanych w próbach od 1522 pacjentów z rozpoznaniem reumatoidalnego zapalenia stawów, którzy byli seropozytywni pod kątem autoprzeciwciał przeciwko cyklicznemu cytrulinowanemu peptydowi (anty-CCP-dodatnie) i 1850 osobnikom kontrolnym z połączonych zestawów danych z reumatoidalnego obszaru Ameryki Północnej. Arthritis Consortium (NARAC) i szwedzkie badanie epidemiologiczne reumatoidalnego zapalenia stawów (EIRA)
[podobne: denar oborniki, czerwienica prawdziwa rokowania, tomasz winciorek ]

Ten wpis został opublikowany w kategorii Bez kategorii i oznaczony tagami , , . Dodaj zakładkę do bezpośredniego odnośnika.

0 odpowiedzi na „TRAF1-C5 jako locus ryzyka dla reumatoidalnego zapalenia stawów – badanie genomewidu czesc 4

  1. Hanna pisze:

    Regeneracja wątroby – temat zawsze na czasie

  2. Jigsaw pisze:

    Article marked with the noticed of: dentysta Żoliborz[…]

  3. Remigiusz pisze:

    może ktoś wie, jak szybko (w dniach) można i należy podjąc rehabilitację u chorego z nadciśnieniem

  4. Albert pisze:

    [..] Odniesienie w tekscie do forever aloes[…]

  5. Barbara pisze:

    Znajomy ma gospodarstwo i rente, popija wódeczke, a rente dostał na ciśnienie.