TRAF1-C5 jako locus ryzyka dla reumatoidalnego zapalenia stawów – badanie genomewidu cd

Osoby kontrolne z New York Cancer Project zostały zakwalifikowane w ciągu 2 lat za pomocą reklamy ogólnej i nagabywania w punkcie usługowym, jak opisano wcześniej. 30 Pisemną świadomą zgodę uzyskano od wszystkich osób, które dostarczyły próbki krwi zgodnie z protokołami zatwierdzone przez lokalne instytuty opiniodawcze. EIRA to badanie kliniczno-kontrolne populacji obejmujące mieszkańców południowej i środkowej Szwecji, którzy byli w wieku od 18 do 70 lat w okresie od maja 1996 r. Do grudnia 2005 r.31. Rejestracja była ograniczona do pacjentów, którzy niedawno otrzymali diagnozę reumatoidalnego zapalenia stawów (w ciągu roku od pierwszego wystąpienia objawów u 85% pacjentów). Dla każdego pacjenta osobnik kontrolny był losowo wybierany z bazy badania; osoby kontrolne zostały dopasowane do wieku, płci i obszaru zamieszkania. Większość badanych urodziło się w Szwecji, a 97% z nich miało białe pochodzenie.
Wylosowaliśmy losowo 676 pacjentów z reumatoidalnym zapaleniem stawów z obecnością anty-CCP i 673 pacjentów z grupy kontrolnej do genotypowania genomewidu (EIRA-1). Pacjenci poddawani replikacji (EIRA-2) byli losowo wybierani z tej samej podstawy badania i obejmowali 568 pacjentów z rozpoznaniem anty-CCP i 516 osobników kontrolnych. Wskaźnik uczestnictwa wynosił 96% w przypadku osób z przypadkami po rekrutacji z systemu wczesnego nadzoru na potrzeby reumatoidalnego zapalenia stawów w Szwecji. Pisemną świadomą zgodę uzyskano od wszystkich podmiotów, a komisja ds. Oceny etycznej w Karolinska Institutet zatwierdziła badanie.
Genotypowanie i kontrola jakości
Genotypowanie dla etapu wykonano w Instytucie Badań Medycznych Feinsteina dla skanu NARAC oraz w Genome Institute of Singapore dla skanu EIRA, obydwa według instrukcji Illumina Infinium 2 (Illumina), jak opisano wcześniej.32 Skalowanie NARAC obejmowało 555 080 SNP genotypowanych w próbkach od 908 osób z przypadkami i 1260 osób kontrolnych. Próbki wszystkich pacjentów z NARAC genotypowano za pomocą testu SNP z Infinium HumanHap550, wersja 1.0 (Illumina); 601 kontroli zostało genotypowanych na tej samej platformie, 411 na HumanHap550 (wersja 3.0) i 248 na tablicach Infinium HumanHap300 i HumanHap240S. Skan EIRA zawierał genotypy 317 503 SNP z tablicy HumanHap300 (wersja 1.0). Zestawy danych były filtrowane indywidualnie na podstawie szybkości wywoływania genotypu SNP (całkowite> 95%), częstości mniejszych alleli (> 0,01) i równowagi Hardy ego-Weinberga (P <1 × 10-5). Usunęliśmy badanych, których procent brakujących genotypów wynosił ponad 5%, którzy mieli pochodzenie pozaeuropejskie, którzy mieli dowody pokrewieństwa i którzy mieli dowody możliwego skażenia DNA (więcej informacji znajduje się w Dodatkowym dodatku). 297,086 SNP, które przekazały filtry zarówno w kolekcjach próbek NARAC, jak i EIRA, zostały scalone w jeden plik do analizy.
Genotypowanie w etapie 2 dziewięciu haplotypów SNP TRAF1-C5 przeprowadzono za pomocą Sequenom iPLEX33 w Broad Institute of Harvard i Massachusetts Institute of Technology (dla próbek NARAC-2) oraz w Genome Institute of Singapore (dla EIRA- 2 próbki), obie zgodnie ze specyfikacją producenta (dodatkowe informacje znajdują się w Dodatkowym dodatku).
Analiza statystyczna
Najpierw przeanalizowaliśmy oddzielnie dane NARAC-1 i EIRA-1, a następnie połączyliśmy dwa zestawy danych do wspólnej analizy
[podobne: polporta, denar oborniki, hashimoto objawy psychiczne ]

Ten wpis został opublikowany w kategorii Bez kategorii i oznaczony tagami , , . Dodaj zakładkę do bezpośredniego odnośnika.

0 odpowiedzi na „TRAF1-C5 jako locus ryzyka dla reumatoidalnego zapalenia stawów – badanie genomewidu cd

  1. Disco Potato pisze:

    Dlatego chyba wolę nawet się nie diagnozować

  2. Urszula pisze:

    [..] Cytowany fragment: stomatolog poznań[…]

  3. Anna pisze:

    Lepiej dmuchać na zimne

  4. Borys pisze:

    [..] Oznaczono ponizsze tresci z artykulu oryginalnego: probolan 50[…]

  5. Prometheus pisze:

    A co z innymi produktami?

  6. Remigiusz pisze:

    [..] Artukul zawiera odniesienia do tresci: aloes[…]

  7. Tobiasz pisze:

    Od jakiegoś czasu zauważyłam że się lepiej czuję